Mezi nejdůležitější nenasycené volné mastné kyseliny, zastoupené v konopném oleji, patří především kyselina linolová LA (omega-3), linolenová LNA (omega-6), gama-linolenová GLA a kyselina arachidová AA, které se aktivně zúčastňují metabolických přeměn a pomáhají mj. předcházet ateroskleróze.
Metabolické produkty linolenových kyselin se přetvářejí na skupinu tzv. eicosanoidů (ikosanoidů), tj. hormonálních působků s krátkou dobou existence (mezi ně patří např. prostaglandiny, prostacykliny, tromboxany a leukotrieny), které se fyziologicky podílejí na řadě základních funkcí (regulují kontrakce hladkého svalstva, fertilitu i sexuální potenci, propustnost krevního řečiště, ovlivňují intenzitu zánětlivých reakcí, aktivují imunitní systém a stimulují vznik nových buněk v zárodečné vrstvě kůže aj.).