Já bych udělal čistou instalaci a pak tam zkusil ten obsah naimportovat, ale nejsem si jistý, jestli to vyřeší problém s cestami. Ta záležitost se subdoménou je tam proto, že wordpress ukládá url stylem /cesta/ a to máš v obsahu, u menu, všude. Což bude na subdoméně prostě fungovat, ale v adresáři to bude problém, protože se změní cesta. Do přepisování, zejména pokud tam máš i nějaké custom data a tak, bych se nepouštěl, to by bylo na mašli.