K_A_R_K_U_L_K_A: Z hlavy nevim, mam nekde 2 komplementarni recepisy. Co muzu potvrdit ze rozdil byl velky.

Zkus nakouknout do: Dyeing Reagents for Thin-Layer and Paper Chromatography

• TLC Stain General Reference.pdf

nemůžu najít svůj starý recept na modrák, co jsem měla v bejvalý práci. ten současný, co mám od kolegů je nějaký divný
25 g kyselina fosfomolybdenová H3PO4.12MoO3.12H2O
10 g síran ceričitý Ce(SO4)2.4H2O
60 ml konc. H2SO4
940 ml H2O
mám 2 lahvičky fosfomolybdenový kyseliny. jedna je v barvě mint green a jedna žlutá. v obou případech u dna vzniká světlá sedlina, u tý zelený mnohem víc. jako když se zfiltruje, tak to nějak funguje, ale já mám pocit, že jsem v tom mým receptu měla jinou sloučeninu molybdenu a nikdy mi žádná sedlina nevznikala (co nezmizne ani po dlouhým míchání a zahřívání)
máte někdo jiný recept?

BORAG: s novým t-BuONa vzniká jen Ar1-H, bez žádaného Ar1-Ar2, + zbytek výchozího borolanu. se starým t-BuONa nežádoucí vedlejší produkt Ar1-H nevzniká vůbec, vzniká jen Ar1-Ar2, + zbytek borolanu zůstává v reakční směsi (100% konverze se zatím nikdy nepovedla)

K_A_R_K_U_L_K_A: a ta reakce neproběhne vůbec a izolujete oba produkty zpět, a nebo vznikne něco jiného, či se podaří izolovat pouze jeden z produktů? Jak říkám, vařím z vody, ale napadá mě situace, kdy jeden ze substrátů nemá rád tBuONa (který je v té nové flašce), zatímco NaOH mu zase až tak moc nevadí. Také to může mít co do činění s koncentrací (tBuONa se v toluenu rozpouští lépe než NaOH).

BORAG: no tak proč to teda funguje s tím starým a novým vůbec... ale mohu zkusit do toho hodit jen NaOH, jestli mi jen ucvakne borolan a na spojení aryl-aryl se vykašle stejně jako se zcela novým komerčním t-BuONa

K_A_R_K_U_L_K_A: kvalita chemikálií od Aldriche je kapitola sama pro sebe. Nicméně, nezkoušeli jste tam dávat přímo NaOH? Ono se občas ukazuje, že stará flaška tBuONa je spíš směs NaOH a tBuOH. (a ano, střílím od boku...)

přestala mi běhat jedna Suzuki syntéza, kterou už jsem +- optimalizovala. ukázalo se, že zřejmě ten problém je terc-butoxid sodný. přišla nová prachovnice od Aldriche a najednou to nejde. a s terc-butoxidem mnohem starším od stejné firmy to jde. co byste si z toho vyvodili? že se nedá na kvalitu chemikálií Aldrich spolehnout? je to tím, že ten nový byl vlhký? (nabírali to v továrně vlhkou lopatou?)
co způsobuje nežádoucí atak vazby uhlík-bor? vzniknuvší NaOH v t-BuONa?
s tím novým t-BuONa Ar1-Ar2 nevzniká vůbec. dostanu jen směs výchozího borolanu + Ar1H

no zkusil sem to este misto velkeho zredeni prikapat rychlosti cca kapka za 10s a jeste docela zredene (30 mg, 20mL) :D a vypada to o dost lip .. prvni pokus lehce prez 50%, predtim sem z toho vytlouk kolem 15% ...
o tom T3P sem uvazoval to radil kamos ze se to pekne vytrepe do vody a nic tam nezbude..
ale teda ted kdyz to beha aspon takhle tak uz se mi moc experimentovat nechtelo .. preci jen je to 3 stepy od konce asi 15ti stepove totalky.. :D

HATU ma nevyhodu, ze guanyluje volny NH2 (dostanete tetramethylguanidin). Takze pokud se vam kruh nechce zavirat dostatecne rychle, muze vam to zmrvit N-konec. Navrhoval bych radeji nejake cinidlo s fosforem, ten aminoskupiny vesmes ignoruje a miluje karboxyly. Jedna moznost je stary dobry BOP (Castro's reagent) ale ucinejsi by melo byt PPACA, propionylphosphonic anhydride, prodava to m.j. Aldrich (CAS # 68957-94-8), coupluje to v pritomnosti baze jako je DIEA

Zdravim, nejaky napad na peptidove kaplitko na makrocyklizaci bohate dekorovaneho 13ti kruhu.. neco mezi tri a tetrapeptidem se zavesenym purinem.. HATU s HOAt co mi behalo na podobny pseudo tri a tertapetidy kolem 50% to noc nedavaj... :(

BORAG: "Smradek, ale teplucko."

CURDLED: ano, u nás to samé, a tak jsem na to hodil boba a tu reakci udělal s BH3.SMe2. Ten neobsahuje žádné rozpouštědlo a fungovalo to krásně.

CURDLED: jinak pred par dni jsem redukoval boranem v THF (Aldrich, stabilizovany pomoci NIMBA) a fungovalo to, ale v reakcni smesi po zpracovani methanolem a HCl bylo n-butanolu jak nasrano. Takze ani novy druh stabilizace BH3.THF neni bezchybny

LIBRIUM: zcela upřímně, mě to překvapilo docela dost, ale je možné, že jsem jen kdysi dávno zrovna chyběl na nějaké přednášce z organické chemie, kde se tohle probíralo...

BORAG: trochu ma to prekvapuje, kedze nemam boran za tak aktivne redukcne cinidlo, ale zase, 5 rokov...

Nebude tam nejaka autokatalyza? Ze prve mesiace, roky nic a ked sa urobi nejaka hranicna koncentracia toho ortoboratu, tak to
ako Lewisovska kyselina katalyzuje? Asi si zarobit cerstvy tetrahydrofuranovy boran a rozdelit na dve polovice, do jednej banky prikvapnut nejake mol % toho butylboratu a ponechat obe banky 2-3 mesiace v chladnicke a potom overit, ci sa koncentracie esteru lisia viac, nez o pridany ortoborat....

LIBRIUM: ano, přesně tak... Nepředpokládám, že se to stalo v průběhu odpařování na RVO (bylo to tam cca 5 min při 50 °C).

Požádal jsem jednoho kolegu, aby připravil pro jeden malý projekt komplex Me3N-BH3 reakcí NMe3 s 1M BH3.THF. K našemu velkému překvapení byl primárním produktem reakce B(OBu)3 a komplexu tam bylo jako šafránu. Tak jsem jej požádal, aby odpařil vzorek toho boranu v THF (nepředpokládal jsem, že by s tím ten NMe3 měl cokoliv do činění) a on získal v podstatě analyticky čistý ester. Poté zkusil další lahvičku (opět odpařil několik ml) a to samé - čirá bezbarvá kapalina - B(OBu)3.

BORAG: ze ako v priebehu rokov boran postupne zredukuje THF na butanolat a in situ s nim urobi ester?

OK, rozmohl se nám tady takový nešvar... Mám tady několik lahviček 1M BH3 v THF (skladováno v lednici), ale jak se ukazuje, tak tam toho boranu moc není a ve valné většině případů to je téměř 1M roztok B(OBu)3 v THF (stačí odpařit na RVO při 50 °C a je to téměř analyticky čistý vzorek)... Je pravda, že většina těch roztoků je 5+ let stará, ale i tak. Netušíte, po jaké době se tam tohle svinstvo začne objevovat?

MRTY: to zni dobre HTS, ted upresnim za sebe point of view, ty finalni latky nema zadna firma v katalogu, takze neni to HTS:

Enamine mi prijde prima na tohle, samozrejme ve farmaceutickem sektoru, drug discovery a structure based rational drug designu - tomu konceptu se rika "new nebo novel chemotypes", coz je idealni treba na infekcni choroby a prekonavani drug resistence, ale i obecne.

Jde o to, ze prave Enamine ma zcela atypicke male fragmenty do syntezy (atypicke ruzne velke cykly s heteroatomy nepouzivane a nepouzite v soucasnych API na trhu), takze nic hotoveho na HTS - jede se z toho synteza uplne nove latky ve vlastni laboratori, latky kterou prave nikdo nema v katalogu zadna firma, reagenty apod. kilovky jsou uz v labu od Fluky, a tohle se uvari v labu a pak hned na testovani, ale zadny HTS, ale na biochemku in vitro stanoveni IC50 a Ki normalne, IC50 via Maldi neni potreba, latek je treba jen max 50-150, ale to uz jsou hity, na nanomolarni optimalizaci. Samozrejme co je aktivni invitro inhibitor, neni casto aktivni resp. ucinne lecivo in vivo na zvireti a na cloveku.

Tzn. vygeneruju na pocitaci 50-150 zarucenych hitu mikromolarnich nebo slabsich na novel terapeuticky target protein co prisel cerstve do PDB databaze resp. na vlastnim X-ray experimentu pred publikaci to je castejsi a lepsi varianta byt prvni, uvari se to ve vlastni laborce a hned otestuje, tzn. ze to uvaris rychleji nez Enamine, oni poslou jen ty fragmenty, ktery jsou potreba, ktery rozhodne nema Aldrich atd. Ma to jen Enamine a je toho fakt hodne, na "novel chemotypes", a syntetizovana latka je samozrejme vypocitana predem ze bude biodostupna.