• úvod
  • témata
  • události
  • tržiště
  • diskuze
  • nástěnka
  • přihlásit
    registrace
    ztracené heslo?
    BORAGOrganická syntéza
    Tento klub slouží k procvičování schopnosti navrhovat jednoduché i pokročilé mnohakrokové organické syntézy. Navrhovatel řešené struktury (tj. jedinec, který úspěšně vyřešil předchozí syntézu) by měl volit látku, se kterou již dříve pracoval, aby byl schopný rozsoudit správné řešení, v případě, že se jich objeví více.

    Prosím respektujte následující pravidla:
    1. Při navrhování syntéz používejte jako reagenty pouze komerčně dostupné látky.
    2. Syntéza by neměla mít více než deset kroků.
    3. Navržený sled reakcí vkládejte ve formě obrázků! Slovní popis n-stupňové syntézy nebude nejspíš nikdo číst.
    4. Doba na vyřešení struktury je předběžně stanovena na JEDEN TÝDEN - pokud se do té doby nepříjde s vhodným řešením, je navrhovatel povinen zveřejnit správné znění. Dalším navrhovatelem se pak stává osoba, která se k tomuto řešení nejvíce přiblížila.
    5. Navrhovatel se může své funkce dobrovolně vzdát ve prospěch jiného diskutujícího.
    6. Navržena může být i struktura, kterou plánujete připravit a rádi byste postup zkonzultovali, popř. zjistili i jiné úhly pohledu.
    7. Jakékoliv příspěvky mimo téma diskuze budou nemilosrdně mazány.

    Přeji příjemnou zábavu!
    rozbalit záhlaví
    PETER_PAN
    PETER_PAN --- ---
    K_A_R_K_U_L_K_A: Z hlavy nevim, mam nekde 2 komplementarni recepisy. Co muzu potvrdit ze rozdil byl velky.

    Zkus nakouknout do: Dyeing Reagents for Thin-Layer and Paper Chromatography

    K_A_R_K_U_L_K_A
    K_A_R_K_U_L_K_A --- ---
    nemůžu najít svůj starý recept na modrák, co jsem měla v bejvalý práci. ten současný, co mám od kolegů je nějaký divný
    25 g kyselina fosfomolybdenová H3PO4.12MoO3.12H2O
    10 g síran ceričitý Ce(SO4)2.4H2O
    60 ml konc. H2SO4
    940 ml H2O
    mám 2 lahvičky fosfomolybdenový kyseliny. jedna je v barvě mint green a jedna žlutá. v obou případech u dna vzniká světlá sedlina, u tý zelený mnohem víc. jako když se zfiltruje, tak to nějak funguje, ale já mám pocit, že jsem v tom mým receptu měla jinou sloučeninu molybdenu a nikdy mi žádná sedlina nevznikala (co nezmizne ani po dlouhým míchání a zahřívání)
    máte někdo jiný recept?
    K_A_R_K_U_L_K_A
    K_A_R_K_U_L_K_A --- ---
    BORAG: s novým t-BuONa vzniká jen Ar1-H, bez žádaného Ar1-Ar2, + zbytek výchozího borolanu. se starým t-BuONa nežádoucí vedlejší produkt Ar1-H nevzniká vůbec, vzniká jen Ar1-Ar2, + zbytek borolanu zůstává v reakční směsi (100% konverze se zatím nikdy nepovedla)
    BORAG
    BORAG --- ---
    K_A_R_K_U_L_K_A: a ta reakce neproběhne vůbec a izolujete oba produkty zpět, a nebo vznikne něco jiného, či se podaří izolovat pouze jeden z produktů? Jak říkám, vařím z vody, ale napadá mě situace, kdy jeden ze substrátů nemá rád tBuONa (který je v té nové flašce), zatímco NaOH mu zase až tak moc nevadí. Také to může mít co do činění s koncentrací (tBuONa se v toluenu rozpouští lépe než NaOH).
    K_A_R_K_U_L_K_A
    K_A_R_K_U_L_K_A --- ---
    BORAG: no tak proč to teda funguje s tím starým a novým vůbec... ale mohu zkusit do toho hodit jen NaOH, jestli mi jen ucvakne borolan a na spojení aryl-aryl se vykašle stejně jako se zcela novým komerčním t-BuONa
    BORAG
    BORAG --- ---
    K_A_R_K_U_L_K_A: kvalita chemikálií od Aldriche je kapitola sama pro sebe. Nicméně, nezkoušeli jste tam dávat přímo NaOH? Ono se občas ukazuje, že stará flaška tBuONa je spíš směs NaOH a tBuOH. (a ano, střílím od boku...)
    K_A_R_K_U_L_K_A
    K_A_R_K_U_L_K_A --- ---
    přestala mi běhat jedna Suzuki syntéza, kterou už jsem +- optimalizovala. ukázalo se, že zřejmě ten problém je terc-butoxid sodný. přišla nová prachovnice od Aldriche a najednou to nejde. a s terc-butoxidem mnohem starším od stejné firmy to jde. co byste si z toho vyvodili? že se nedá na kvalitu chemikálií Aldrich spolehnout? je to tím, že ten nový byl vlhký? (nabírali to v továrně vlhkou lopatou?)
    co způsobuje nežádoucí atak vazby uhlík-bor? vzniknuvší NaOH v t-BuONa?
    s tím novým t-BuONa Ar1-Ar2 nevzniká vůbec. dostanu jen směs výchozího borolanu + Ar1H

    SM3RK
    SM3RK --- ---
    no zkusil sem to este misto velkeho zredeni prikapat rychlosti cca kapka za 10s a jeste docela zredene (30 mg, 20mL) :D a vypada to o dost lip .. prvni pokus lehce prez 50%, predtim sem z toho vytlouk kolem 15% ...
    o tom T3P sem uvazoval to radil kamos ze se to pekne vytrepe do vody a nic tam nezbude..
    ale teda ted kdyz to beha aspon takhle tak uz se mi moc experimentovat nechtelo .. preci jen je to 3 stepy od konce asi 15ti stepove totalky.. :D
    CURDLED
    CURDLED --- ---
    HATU ma nevyhodu, ze guanyluje volny NH2 (dostanete tetramethylguanidin). Takze pokud se vam kruh nechce zavirat dostatecne rychle, muze vam to zmrvit N-konec. Navrhoval bych radeji nejake cinidlo s fosforem, ten aminoskupiny vesmes ignoruje a miluje karboxyly. Jedna moznost je stary dobry BOP (Castro's reagent) ale ucinejsi by melo byt PPACA, propionylphosphonic anhydride, prodava to m.j. Aldrich (CAS # 68957-94-8), coupluje to v pritomnosti baze jako je DIEA
    SM3RK
    SM3RK --- ---
    Zdravim, nejaky napad na peptidove kaplitko na makrocyklizaci bohate dekorovaneho 13ti kruhu.. neco mezi tri a tetrapeptidem se zavesenym purinem.. HATU s HOAt co mi behalo na podobny pseudo tri a tertapetidy kolem 50% to noc nedavaj... :(
    LIBRIUM
    LIBRIUM --- ---
    BORAG: "Smradek, ale teplucko."
    BORAG
    BORAG --- ---
    CURDLED: ano, u nás to samé, a tak jsem na to hodil boba a tu reakci udělal s BH3.SMe2. Ten neobsahuje žádné rozpouštědlo a fungovalo to krásně.
    CURDLED
    CURDLED --- ---
    CURDLED: jinak pred par dni jsem redukoval boranem v THF (Aldrich, stabilizovany pomoci NIMBA) a fungovalo to, ale v reakcni smesi po zpracovani methanolem a HCl bylo n-butanolu jak nasrano. Takze ani novy druh stabilizace BH3.THF neni bezchybny
    CURDLED
    CURDLED --- ---
    BORAG: bohuzel tohle je bezny problem, BH3 v THF neni staly. V minulosti se ten roztok prodaval stabilizovany pridavkem maleho mnozstvi borohydridu - coz je zrejme vas material, problem je v tom, ze NaBH4 jako stabilizator neni moc spolehlivy a jeho pritomnost navic pokurvi enantioselektivitu CBS redukce oxaborolidinem s BH3.
    Celkem nedavno byl vyvinuty novy stabilizator, iPrN(tBu)Me (aka NIMBA) ktery udajne funguje mnohem lepe - vsechny roztoky BH3 v THF ktere ted prodava Aldrich jsou stabilizovane pridavkem NIMBA.

    NIMBA je komercne dostupna, ale v komercnim BH3.THF je ji dost. Dalsim vhodnym stabilizatorem je pentamethylpiperidin (1,2,2,6,6) aka pepmpidine

    https://www.sigmaaldrich.com/deepweb/assets/sigmaaldrich/product/documents/220/096/al_techbull_al218.pdf
    BORAG
    BORAG --- ---
    LIBRIUM: zcela upřímně, mě to překvapilo docela dost, ale je možné, že jsem jen kdysi dávno zrovna chyběl na nějaké přednášce z organické chemie, kde se tohle probíralo...
    LIBRIUM
    LIBRIUM --- ---
    BORAG: trochu ma to prekvapuje, kedze nemam boran za tak aktivne redukcne cinidlo, ale zase, 5 rokov...

    Nebude tam nejaka autokatalyza? Ze prve mesiace, roky nic a ked sa urobi nejaka hranicna koncentracia toho ortoboratu, tak to
    ako Lewisovska kyselina katalyzuje? Asi si zarobit cerstvy tetrahydrofuranovy boran a rozdelit na dve polovice, do jednej banky prikvapnut nejake mol % toho butylboratu a ponechat obe banky 2-3 mesiace v chladnicke a potom overit, ci sa koncentracie esteru lisia viac, nez o pridany ortoborat....
    BORAG
    BORAG --- ---
    LIBRIUM: ano, přesně tak... Nepředpokládám, že se to stalo v průběhu odpařování na RVO (bylo to tam cca 5 min při 50 °C).

    Požádal jsem jednoho kolegu, aby připravil pro jeden malý projekt komplex Me3N-BH3 reakcí NMe3 s 1M BH3.THF. K našemu velkému překvapení byl primárním produktem reakce B(OBu)3 a komplexu tam bylo jako šafránu. Tak jsem jej požádal, aby odpařil vzorek toho boranu v THF (nepředpokládal jsem, že by s tím ten NMe3 měl cokoliv do činění) a on získal v podstatě analyticky čistý ester. Poté zkusil další lahvičku (opět odpařil několik ml) a to samé - čirá bezbarvá kapalina - B(OBu)3.
    LIBRIUM
    LIBRIUM --- ---
    BORAG: ze ako v priebehu rokov boran postupne zredukuje THF na butanolat a in situ s nim urobi ester?
    BORAG
    BORAG --- ---
    OK, rozmohl se nám tady takový nešvar... Mám tady několik lahviček 1M BH3 v THF (skladováno v lednici), ale jak se ukazuje, tak tam toho boranu moc není a ve valné většině případů to je téměř 1M roztok B(OBu)3 v THF (stačí odpařit na RVO při 50 °C a je to téměř analyticky čistý vzorek)... Je pravda, že většina těch roztoků je 5+ let stará, ale i tak. Netušíte, po jaké době se tam tohle svinstvo začne objevovat?
    DRZEEF
    DRZEEF --- ---
    MRTY: to zni dobre HTS, ted upresnim za sebe point of view, ty finalni latky nema zadna firma v katalogu, takze neni to HTS:

    Enamine mi prijde prima na tohle, samozrejme ve farmaceutickem sektoru, drug discovery a structure based rational drug designu - tomu konceptu se rika "new nebo novel chemotypes", coz je idealni treba na infekcni choroby a prekonavani drug resistence, ale i obecne.

    Jde o to, ze prave Enamine ma zcela atypicke male fragmenty do syntezy (atypicke ruzne velke cykly s heteroatomy nepouzivane a nepouzite v soucasnych API na trhu), takze nic hotoveho na HTS - jede se z toho synteza uplne nove latky ve vlastni laboratori, latky kterou prave nikdo nema v katalogu zadna firma, reagenty apod. kilovky jsou uz v labu od Fluky, a tohle se uvari v labu a pak hned na testovani, ale zadny HTS, ale na biochemku in vitro stanoveni IC50 a Ki normalne, IC50 via Maldi neni potreba, latek je treba jen max 50-150, ale to uz jsou hity, na nanomolarni optimalizaci. Samozrejme co je aktivni invitro inhibitor, neni casto aktivni resp. ucinne lecivo in vivo na zvireti a na cloveku.

    Tzn. vygeneruju na pocitaci 50-150 zarucenych hitu mikromolarnich nebo slabsich na novel terapeuticky target protein co prisel cerstve do PDB databaze resp. na vlastnim X-ray experimentu pred publikaci to je castejsi a lepsi varianta byt prvni, uvari se to ve vlastni laborce a hned otestuje, tzn. ze to uvaris rychleji nez Enamine, oni poslou jen ty fragmenty, ktery jsou potreba, ktery rozhodne nema Aldrich atd. Ma to jen Enamine a je toho fakt hodne, na "novel chemotypes", a syntetizovana latka je samozrejme vypocitana predem ze bude biodostupna.
    Kliknutím sem můžete změnit nastavení reklam