• úvod
  • témata
  • události
  • tržiště
  • diskuze
  • nástěnka
  • přihlásit
    registrace
    ztracené heslo?
    BORAGOrganická syntéza
    SM3RK
    SM3RK --- ---
    Zdravim, nejaky napad na peptidove kaplitko na makrocyklizaci bohate dekorovaneho 13ti kruhu.. neco mezi tri a tetrapeptidem se zavesenym purinem.. HATU s HOAt co mi behalo na podobny pseudo tri a tertapetidy kolem 50% to noc nedavaj... :(
    LIBRIUM
    LIBRIUM --- ---
    BORAG: "Smradek, ale teplucko."
    BORAG
    BORAG --- ---
    CURDLED: ano, u nás to samé, a tak jsem na to hodil boba a tu reakci udělal s BH3.SMe2. Ten neobsahuje žádné rozpouštědlo a fungovalo to krásně.
    CURDLED
    CURDLED --- ---
    CURDLED: jinak pred par dni jsem redukoval boranem v THF (Aldrich, stabilizovany pomoci NIMBA) a fungovalo to, ale v reakcni smesi po zpracovani methanolem a HCl bylo n-butanolu jak nasrano. Takze ani novy druh stabilizace BH3.THF neni bezchybny
    CURDLED
    CURDLED --- ---
    BORAG: bohuzel tohle je bezny problem, BH3 v THF neni staly. V minulosti se ten roztok prodaval stabilizovany pridavkem maleho mnozstvi borohydridu - coz je zrejme vas material, problem je v tom, ze NaBH4 jako stabilizator neni moc spolehlivy a jeho pritomnost navic pokurvi enantioselektivitu CBS redukce oxaborolidinem s BH3.
    Celkem nedavno byl vyvinuty novy stabilizator, iPrN(tBu)Me (aka NIMBA) ktery udajne funguje mnohem lepe - vsechny roztoky BH3 v THF ktere ted prodava Aldrich jsou stabilizovane pridavkem NIMBA.

    NIMBA je komercne dostupna, ale v komercnim BH3.THF je ji dost. Dalsim vhodnym stabilizatorem je pentamethylpiperidin (1,2,2,6,6) aka pepmpidine

    https://www.sigmaaldrich.com/deepweb/assets/sigmaaldrich/product/documents/220/096/al_techbull_al218.pdf
    BORAG
    BORAG --- ---
    LIBRIUM: zcela upřímně, mě to překvapilo docela dost, ale je možné, že jsem jen kdysi dávno zrovna chyběl na nějaké přednášce z organické chemie, kde se tohle probíralo...
    LIBRIUM
    LIBRIUM --- ---
    BORAG: trochu ma to prekvapuje, kedze nemam boran za tak aktivne redukcne cinidlo, ale zase, 5 rokov...

    Nebude tam nejaka autokatalyza? Ze prve mesiace, roky nic a ked sa urobi nejaka hranicna koncentracia toho ortoboratu, tak to
    ako Lewisovska kyselina katalyzuje? Asi si zarobit cerstvy tetrahydrofuranovy boran a rozdelit na dve polovice, do jednej banky prikvapnut nejake mol % toho butylboratu a ponechat obe banky 2-3 mesiace v chladnicke a potom overit, ci sa koncentracie esteru lisia viac, nez o pridany ortoborat....
    BORAG
    BORAG --- ---
    LIBRIUM: ano, přesně tak... Nepředpokládám, že se to stalo v průběhu odpařování na RVO (bylo to tam cca 5 min při 50 °C).

    Požádal jsem jednoho kolegu, aby připravil pro jeden malý projekt komplex Me3N-BH3 reakcí NMe3 s 1M BH3.THF. K našemu velkému překvapení byl primárním produktem reakce B(OBu)3 a komplexu tam bylo jako šafránu. Tak jsem jej požádal, aby odpařil vzorek toho boranu v THF (nepředpokládal jsem, že by s tím ten NMe3 měl cokoliv do činění) a on získal v podstatě analyticky čistý ester. Poté zkusil další lahvičku (opět odpařil několik ml) a to samé - čirá bezbarvá kapalina - B(OBu)3.
    LIBRIUM
    LIBRIUM --- ---
    BORAG: ze ako v priebehu rokov boran postupne zredukuje THF na butanolat a in situ s nim urobi ester?
    BORAG
    BORAG --- ---
    OK, rozmohl se nám tady takový nešvar... Mám tady několik lahviček 1M BH3 v THF (skladováno v lednici), ale jak se ukazuje, tak tam toho boranu moc není a ve valné většině případů to je téměř 1M roztok B(OBu)3 v THF (stačí odpařit na RVO při 50 °C a je to téměř analyticky čistý vzorek)... Je pravda, že většina těch roztoků je 5+ let stará, ale i tak. Netušíte, po jaké době se tam tohle svinstvo začne objevovat?
    DRZEEF
    DRZEEF --- ---
    MRTY: to zni dobre HTS, ted upresnim za sebe point of view, ty finalni latky nema zadna firma v katalogu, takze neni to HTS:

    Enamine mi prijde prima na tohle, samozrejme ve farmaceutickem sektoru, drug discovery a structure based rational drug designu - tomu konceptu se rika "new nebo novel chemotypes", coz je idealni treba na infekcni choroby a prekonavani drug resistence, ale i obecne.

    Jde o to, ze prave Enamine ma zcela atypicke male fragmenty do syntezy (atypicke ruzne velke cykly s heteroatomy nepouzivane a nepouzite v soucasnych API na trhu), takze nic hotoveho na HTS - jede se z toho synteza uplne nove latky ve vlastni laboratori, latky kterou prave nikdo nema v katalogu zadna firma, reagenty apod. kilovky jsou uz v labu od Fluky, a tohle se uvari v labu a pak hned na testovani, ale zadny HTS, ale na biochemku in vitro stanoveni IC50 a Ki normalne, IC50 via Maldi neni potreba, latek je treba jen max 50-150, ale to uz jsou hity, na nanomolarni optimalizaci. Samozrejme co je aktivni invitro inhibitor, neni casto aktivni resp. ucinne lecivo in vivo na zvireti a na cloveku.

    Tzn. vygeneruju na pocitaci 50-150 zarucenych hitu mikromolarnich nebo slabsich na novel terapeuticky target protein co prisel cerstve do PDB databaze resp. na vlastnim X-ray experimentu pred publikaci to je castejsi a lepsi varianta byt prvni, uvari se to ve vlastni laborce a hned otestuje, tzn. ze to uvaris rychleji nez Enamine, oni poslou jen ty fragmenty, ktery jsou potreba, ktery rozhodne nema Aldrich atd. Ma to jen Enamine a je toho fakt hodne, na "novel chemotypes", a syntetizovana latka je samozrejme vypocitana predem ze bude biodostupna.
    MRTY
    MRTY --- ---
    DRZEEF: s prodejcema knihoven mam docela bohaty zkusenosti. treba Enamine, Chembridge, atd maj opravdu ty miliony latek navareno skladem a vetsinou do 14 dni dodaj. jak jednotky, tak tisicovky stoffu. my od nich mame ve sbirce na HTS 70k+. kdyz je to synteza na zakazku, z toho vyberu 170 mil teoreticky dostupnejch latek, tak to trva cca mesic az 3. ve velkym mnozstvi to imo nemaj. typicky maj skladem miligramovy az gramovy mnozstvi. high-scale podle me vubec nedelaj na to jsou zase jiny firmy...
    DRZEEF
    DRZEEF --- ---
    *Enamine*, firma hodne resi a setri cas, zeano ? Tipuju ze maji prakticky vsechno v katologu, jakoze fragmenty a syntony, a levne uvari dle literatury cokoliv a velkem mnozstvi (desitky latek, tech syntonu a fragmentu kdyby nahodou nejakymi v tech katalozich 10 tisicu fragmentu nedisponovali. Oni to stejne bleskove uvari, takze do katalogu mohou dat cokoliv co je uvaritelne nebo uz bylo uvareno dle literatury, takze to ani nemusi byt na sklade v regale).

    Pokud to neni vylozene neco new akademicky zakladni vyzkum ala Borag.

    Souhlasite ?
    CURDLED
    CURDLED --- ---
    taktak, TMS-acetylen, nalithiovat to pri -78C pomoci BuLi nebo KHMDS. TMS z acetylenu se pak sunda suspenzi K2CO3 v MeOH, je to pryc behem par minut
    YFKA
    YFKA --- ---
    PETER_PAN: zkusil bych místo acetylenu pouzit tms-acetylen
    PETER_PAN
    PETER_PAN --- ---
    Zdar vsichni. Mam tu zase problem ktery se nikam nehejbe.

    Br-CH2-Ar → ≡-CH2-Ar

    Mam tady jednoduchou reakci (ano aromat je opentleny a ochraneny neprirodni nuclesoid, velmi lipofilni diky chranicim skupinam), kde se nedari dostat konverzi nad nejakych 25%. Reakce je to velmi cista, mam 2 peaky - substrat a produkt. Zadne by-produkty nic.
    Pouzivam 1 eq Br-CH2-Ar, 0.1 az 0.5 eq CuBr nebo CuCN, 2 eq ­­≡-MgBr, THF/65°C.

    Nejaky tipy jak to dotlacit vejs? Vsechno suchy, schlenkovy techniky, vstupni veci lyofilizat, CuBr ze zataveny ambule (pristi tyden si novou ambuly dam do glow-boxu a bude navazovat uz jen tam, ale i doted jsem to delal jen pod argonovou sprchou).
    BOJ
    BOJ --- ---
    Zdravím po delší době, prosím o pomoc. Hledám na disku naskakované řešení ke Sbírce Úloh z Organické Syntézy od prof. Svobody, originálně převzato z Carey Sundberg AOCH (ten solution manual k 5th ed. mám). Někde jsem to krucinál zašantročil... měl jsem to buď okopírováno na čtverečkovaným papíře a půjčil jsem to někomu, nebo jsem si to uložil na disk a nemůžu to v těch TB na všech externích discích najít.. :(. Nemáte to prosím někdo?
    PETER_PAN
    PETER_PAN --- ---
    CURDLED: Jo, to dava smysl. V nasem pripade mame ciste a pruhledne krystaly, takove jako znas treba u tBuMe2SiCl.
    CURDLED
    CURDLED --- ---
    no ten zpusob s destilaci se sodikem jak jsem ho popsal funguje opravdu dobre a nebyl narocny ani naveliko (100g) , my jsme koupili crown ve vetsim mnozstvi, asi pulkilovku, od firmy Oakwood - a to jsou jen distributori, vyrabej to v Cine. A ten jejich material byl krapet nazloutly a viditelne navhly. Protoze jsem se bal pritomnosti naoxidovaneho crownu (my jsme to pouzivali na iniciaci polymerace ethylenoxidu na PEG, a tam ty podminky musely byt supr bezvode), radeji jsem to povaril se sodikem, aby vse, co neni cyklicke, udelalo alkoxid
    PETER_PAN
    PETER_PAN --- ---
    Skvele komentare od CURDLED, jako vzdy, diky!

    Zkusil jsem to vcera osobne ja konverze 70+% podle LC-UV-MS. Takze naslapnuto mame dobre. Mame cerstvy Potassium hydride, 30 wt % dispersion in mineral oil [215813-75G] od Sigmy. Je to tekuta sracka, kde na dne sedimentuji disperze KH.
    Takze ja to zkarbloval, natah do 1mL strikacky bez jehly zhruba 200 µL a naflakal do Schlenka. Co ulpelo na stenach jsem smyl suchym THF. Na dne uz byl rozpusteny crown v THF pri 0 °C. Hruby odhad s nadbytkem KH vedl k tomu ze se pripadne stopy vody v crownu prevedli na KOH. Ale vsechno stale krasne ciry.

    Pak jsem pridal roztok Ar-NH2, pockal 15 minut a pak pridal dalsi reagencii. Za 3 hodiny jsem to otestoval a bylo.

    Pristup k fajnovymu gloveboxu mame, ale chci pokud mozno praci v nem minimalizovat. Priznam se ze o KHMDS v THF slysim poprve. Jeste k 18-crown-6 etheru. Proc by to neslo roztavit (40°C) a vysusit. Boiling point je 116 °C/0.2 Torr, tzn. najit podminky kolem 80-100°C za vakua tak akorat pro vodu, pak to nechat ztuhnout.
    Kliknutím sem můžete změnit nastavení reklam