Jinak co do toho koukám, tak to tam jede eval a pokud vím, WP eval nepotřebuje (u pluginů člověk neví, ale jádro prostě nepotřebuje). Tj. pokud si zakážeš eval, mělo by to být v pohodě.
To samozřejmě neřeší, jak se tam ta věc dostala. Kandidátem jsou pluginy, co nějak zapisují do souborů. Takže cache (náhodou, nemáš tam W3 Total Cache? ), cokoliv co si řeší updaty jinak než standardně, generátory feedů a podobně. No a nebo jestli se tam třeba někdo nepřipojuje na FTP bez šifrování, ale to už je velkej kyberpunk :)