PECA: v souboru crontab je možnost dát položku začínající na @reboot , která se provede po každém restartu...
Takže tam si dej script, který Ti nastaví ty GPIO a rovnou pak spustí ten hlavní SW.
Jiná varianta je autostart script
Něco je popsáno třeba na
How to Run a Script at Boot on Raspberry Pi | Tom's Hardware
https://www.tomshardware.com/amp/how-to/run-script-at-boot-raspberry-pi
A na to taktování si najdi balíček cpufrequtils anebo si prozkoumej možnosti nastavování v /sys/devices/system/cpu/cpu0/cpufreq/scaling_max_freq
ale bacha, otestuj si, zda ti změna frekvence nerozhodí časování a rutiny na tom 1-wire (pamatuji, že to bořilo Serial, když se během komunikace změnila frekvence CPU, tak to zkomolilo přenos)...