K tomu checkdisku - online režim je na "živým" disku - na tom, z kterýho ti běží systém. Spotfix projede jen chyby co má v journalu (NTFS loguje operace se souborama), sdcleanup by měl vyčistit nepoužívaný security descriptory - třeba od souborů, který už neexistujou.
Osobně nevím, co tě vede k tomu to pouštět nějak moc často na všem, jestli ti jde o nějakej pocit bezpečí, tak bych to pouštěl spíš v read only, bez toho /f . Neříkám, že to je nějak extra-nebezpečný, ale pouštět to třeba denně tak máš už celkem vysoký riziko, že toho spíš víc zkurvíš než spravíš. Windows mají nějakou základní periodickou kontrolu v sobě. Jestli se bojíš totálního selhání a o data, tak se spíš sem tam koukni do těch událostí, jestli tam nemáš moc často nějaký disk error hlášky, kterých si u sledování chkdsk ani moc nevšimneš..