DELVIT: co to je za soubor(y)? Tedy spíš kde jsou?
Možnosti (prvotní) jsou "poškozený" Koš ($Recycle.bin) = lze zkusit promazat něčím jako
rd /s /q C:\$Recycle.bin (a pak restartovat, lze-li)...
Další možností je soubor, který podléhá "synchronizaci", tj. něco jako soubor spadající pod synchronizaci skrze OneDrive či podobné služby, kde po smazání je obratem obnoven "synchronizací" z Cloudu.
Věci jako Roamingové profily uživatelé to asi nebudou a "jiná poškození" systémů jsi přes SFC předběžně vyloučil.
P.S.: Mně tohle občas udělal antivir, když jsem dlouho nerestartoval, ale to nebylo na WinServeru, nicméně se to tvářilo podobně - smazat se soubor nechal, ale po obnovení obsahu Průzkumníku (F5) se opět objevil... po restartu (a tím pádem po příslušném aplikování čekajících aktualizací) problém zmizel... stejně jako obdobně občas byl problém, že nešel smazat můj vlastní soubor v mé vlastní složce kvůli právům - a po restartu šel smazat bez keců...