Při psaní disertačky v Latexu jsem si oblíbil kombo BibItNow!, JabRef, BibLaTeX + Biber. Knihovny typu Mendeley nepoužívám, takže nemůžu srovnat, protože si vystačím s ukládáním článků do adresářů a ne všechny potřebuju mít uložené.
Čistě na správu citací je to skvělé, najdu článek na webu a plugin v prohlížeči okamžitě vygeneruje kvalitní záznam do Bibtexu. JabRef spravuje BibTeXovskou textovou databázi a umožňuje kontrolu duplikátů a vůbec správu záznamů včetně hromadných úprav. Má dokonce i přímé vyhledávání článků online a generaci citací, což je teoreticky rychlejší, ale mně se to zas tak neosvědčilo, používám prohlížečový plugin. BibLatex je balíček, který je narozdíl od Bibtexu stále vyvíjený a nabízí úpravy stylu pomocí příkazů. Když tam například nechci mít rozepsané ISBN, tak to jedním příkazem spravím a nemusím se vrtat v nějakém zdrojáku stylu nebo to mazat z databáze. Dá se tam udělat i taková machrovinka, že mám dvě sady referencí, knihy a články zvlášť, jedny číslované B1, B2, ... a druhé 1, 2, .... Ale přiznávám, že to už je prokrastinace :-)
GitHub - Langenscheiss/bibitnow: Site adjustors for browser plugin "bibitnow"
https://github.com/Langenscheiss/bibitnow
http://www.jabref.org/
Jinak další vychytávky, které se mi osvědčily u článků, jsou latexdiff na zvýrazňování změn, pokud editujete přímo zdroják a nechce se vám zvlášť anotovat PDFko, a texcount na kontrolu délky. Obojí jsou balíčky. Na anotování PDF pod Linuxem používám Okular.