• úvod
  • témata
  • události
  • tržiště
  • diskuze
  • nástěnka
  • přihlásit
    registrace
    ztracené heslo?
    BORAGOrganická syntéza
    Tento klub slouží k procvičování schopnosti navrhovat jednoduché i pokročilé mnohakrokové organické syntézy. Navrhovatel řešené struktury (tj. jedinec, který úspěšně vyřešil předchozí syntézu) by měl volit látku, se kterou již dříve pracoval, aby byl schopný rozsoudit správné řešení, v případě, že se jich objeví více.

    Prosím respektujte následující pravidla:
    1. Při navrhování syntéz používejte jako reagenty pouze komerčně dostupné látky.
    2. Syntéza by neměla mít více než deset kroků.
    3. Navržený sled reakcí vkládejte ve formě obrázků! Slovní popis n-stupňové syntézy nebude nejspíš nikdo číst.
    4. Doba na vyřešení struktury je předběžně stanovena na JEDEN TÝDEN - pokud se do té doby nepříjde s vhodným řešením, je navrhovatel povinen zveřejnit správné znění. Dalším navrhovatelem se pak stává osoba, která se k tomuto řešení nejvíce přiblížila.
    5. Navrhovatel se může své funkce dobrovolně vzdát ve prospěch jiného diskutujícího.
    6. Navržena může být i struktura, kterou plánujete připravit a rádi byste postup zkonzultovali, popř. zjistili i jiné úhly pohledu.
    7. Jakékoliv příspěvky mimo téma diskuze budou nemilosrdně mazány.

    Přeji příjemnou zábavu!
    rozbalit záhlaví
    DRZEEF
    DRZEEF --- ---
    MRTY: to zni dobre HTS, ted upresnim za sebe point of view, ty finalni latky nema zadna firma v katalogu, takze neni to HTS:

    Enamine mi prijde prima na tohle, samozrejme ve farmaceutickem sektoru, drug discovery a structure based rational drug designu - tomu konceptu se rika "new nebo novel chemotypes", coz je idealni treba na infekcni choroby a prekonavani drug resistence, ale i obecne.

    Jde o to, ze prave Enamine ma zcela atypicke male fragmenty do syntezy (atypicke ruzne velke cykly s heteroatomy nepouzivane a nepouzite v soucasnych API na trhu), takze nic hotoveho na HTS - jede se z toho synteza uplne nove latky ve vlastni laboratori, latky kterou prave nikdo nema v katalogu zadna firma, reagenty apod. kilovky jsou uz v labu od Fluky, a tohle se uvari v labu a pak hned na testovani, ale zadny HTS, ale na biochemku in vitro stanoveni IC50 a Ki normalne, IC50 via Maldi neni potreba, latek je treba jen max 50-150, ale to uz jsou hity, na nanomolarni optimalizaci. Samozrejme co je aktivni invitro inhibitor, neni casto aktivni resp. ucinne lecivo in vivo na zvireti a na cloveku.

    Tzn. vygeneruju na pocitaci 50-150 zarucenych hitu mikromolarnich nebo slabsich na novel terapeuticky target protein co prisel cerstve do PDB databaze resp. na vlastnim X-ray experimentu pred publikaci to je castejsi a lepsi varianta byt prvni, uvari se to ve vlastni laborce a hned otestuje, tzn. ze to uvaris rychleji nez Enamine, oni poslou jen ty fragmenty, ktery jsou potreba, ktery rozhodne nema Aldrich atd. Ma to jen Enamine a je toho fakt hodne, na "novel chemotypes", a syntetizovana latka je samozrejme vypocitana predem ze bude biodostupna.
    MRTY
    MRTY --- ---
    DRZEEF: s prodejcema knihoven mam docela bohaty zkusenosti. treba Enamine, Chembridge, atd maj opravdu ty miliony latek navareno skladem a vetsinou do 14 dni dodaj. jak jednotky, tak tisicovky stoffu. my od nich mame ve sbirce na HTS 70k+. kdyz je to synteza na zakazku, z toho vyberu 170 mil teoreticky dostupnejch latek, tak to trva cca mesic az 3. ve velkym mnozstvi to imo nemaj. typicky maj skladem miligramovy az gramovy mnozstvi. high-scale podle me vubec nedelaj na to jsou zase jiny firmy...
    DRZEEF
    DRZEEF --- ---
    *Enamine*, firma hodne resi a setri cas, zeano ? Tipuju ze maji prakticky vsechno v katologu, jakoze fragmenty a syntony, a levne uvari dle literatury cokoliv a velkem mnozstvi (desitky latek, tech syntonu a fragmentu kdyby nahodou nejakymi v tech katalozich 10 tisicu fragmentu nedisponovali. Oni to stejne bleskove uvari, takze do katalogu mohou dat cokoliv co je uvaritelne nebo uz bylo uvareno dle literatury, takze to ani nemusi byt na sklade v regale).

    Pokud to neni vylozene neco new akademicky zakladni vyzkum ala Borag.

    Souhlasite ?
    CURDLED
    CURDLED --- ---
    taktak, TMS-acetylen, nalithiovat to pri -78C pomoci BuLi nebo KHMDS. TMS z acetylenu se pak sunda suspenzi K2CO3 v MeOH, je to pryc behem par minut
    YFKA
    YFKA --- ---
    PETER_PAN: zkusil bych místo acetylenu pouzit tms-acetylen
    PETER_PAN
    PETER_PAN --- ---
    Zdar vsichni. Mam tu zase problem ktery se nikam nehejbe.

    Br-CH2-Ar → ≡-CH2-Ar

    Mam tady jednoduchou reakci (ano aromat je opentleny a ochraneny neprirodni nuclesoid, velmi lipofilni diky chranicim skupinam), kde se nedari dostat konverzi nad nejakych 25%. Reakce je to velmi cista, mam 2 peaky - substrat a produkt. Zadne by-produkty nic.
    Pouzivam 1 eq Br-CH2-Ar, 0.1 az 0.5 eq CuBr nebo CuCN, 2 eq ­­≡-MgBr, THF/65°C.

    Nejaky tipy jak to dotlacit vejs? Vsechno suchy, schlenkovy techniky, vstupni veci lyofilizat, CuBr ze zataveny ambule (pristi tyden si novou ambuly dam do glow-boxu a bude navazovat uz jen tam, ale i doted jsem to delal jen pod argonovou sprchou).
    BOJ
    BOJ --- ---
    Zdravím po delší době, prosím o pomoc. Hledám na disku naskakované řešení ke Sbírce Úloh z Organické Syntézy od prof. Svobody, originálně převzato z Carey Sundberg AOCH (ten solution manual k 5th ed. mám). Někde jsem to krucinál zašantročil... měl jsem to buď okopírováno na čtverečkovaným papíře a půjčil jsem to někomu, nebo jsem si to uložil na disk a nemůžu to v těch TB na všech externích discích najít.. :(. Nemáte to prosím někdo?
    PETER_PAN
    PETER_PAN --- ---
    CURDLED: Jo, to dava smysl. V nasem pripade mame ciste a pruhledne krystaly, takove jako znas treba u tBuMe2SiCl.
    CURDLED
    CURDLED --- ---
    no ten zpusob s destilaci se sodikem jak jsem ho popsal funguje opravdu dobre a nebyl narocny ani naveliko (100g) , my jsme koupili crown ve vetsim mnozstvi, asi pulkilovku, od firmy Oakwood - a to jsou jen distributori, vyrabej to v Cine. A ten jejich material byl krapet nazloutly a viditelne navhly. Protoze jsem se bal pritomnosti naoxidovaneho crownu (my jsme to pouzivali na iniciaci polymerace ethylenoxidu na PEG, a tam ty podminky musely byt supr bezvode), radeji jsem to povaril se sodikem, aby vse, co neni cyklicke, udelalo alkoxid
    PETER_PAN
    PETER_PAN --- ---
    Skvele komentare od CURDLED, jako vzdy, diky!

    Zkusil jsem to vcera osobne ja konverze 70+% podle LC-UV-MS. Takze naslapnuto mame dobre. Mame cerstvy Potassium hydride, 30 wt % dispersion in mineral oil [215813-75G] od Sigmy. Je to tekuta sracka, kde na dne sedimentuji disperze KH.
    Takze ja to zkarbloval, natah do 1mL strikacky bez jehly zhruba 200 µL a naflakal do Schlenka. Co ulpelo na stenach jsem smyl suchym THF. Na dne uz byl rozpusteny crown v THF pri 0 °C. Hruby odhad s nadbytkem KH vedl k tomu ze se pripadne stopy vody v crownu prevedli na KOH. Ale vsechno stale krasne ciry.

    Pak jsem pridal roztok Ar-NH2, pockal 15 minut a pak pridal dalsi reagencii. Za 3 hodiny jsem to otestoval a bylo.

    Pristup k fajnovymu gloveboxu mame, ale chci pokud mozno praci v nem minimalizovat. Priznam se ze o KHMDS v THF slysim poprve. Jeste k 18-crown-6 etheru. Proc by to neslo roztavit (40°C) a vysusit. Boiling point je 116 °C/0.2 Torr, tzn. najit podminky kolem 80-100°C za vakua tak akorat pro vodu, pak to nechat ztuhnout.
    CURDLED
    CURDLED --- ---
    Efekt crownu - "zvetsi" velikost K(+) zhruba na Cs(+), a zaroven zvysi rozpustnost. Anionty jsou pak vic nukleofilnejsi a vic bazicky, protoze iontove pary jsou vic od sebe oddeleny
    CURDLED
    CURDLED --- ---
    Pokud potrebujete nahradit KH necim mene problematickym, pouzil bych KHMDS. Da se koupit jako pevna latka od Aldricha, mate li glovebox. Pokud nemate glovebox, kupte odmerny roztok KHMDS v toluenu, nepouzivejte roztok v THF (KHMDS v THF neni dlouhodobe staly)
    CURDLED
    CURDLED --- ---
    tak kombinaci KH + 18-crown-6 jsem pouzival, funguje dobre, ale jsou tam dva problemy, ten KH a pak crown. Nizke vytezky muzou byt zpusobeny nezkusenosti nebo pohodlnosti studenta. Crown ether je totiz hygroskopicky jako prase, a tezko se s nim dela bez gloveboxu. V nasem pripade jsem 18-crown-6 predsusil naveliko azeotropni destilaci s nadbytkem toluenu, pak jsem k tomu pridal kovovy sodik, refluxoval jsem to pres noc pod Ar s tim sodikem v toluenu, vydestiloval toluen a residuum obsahujici crown + sodik jsem predestilovat za hodne vysokeho vakua (10 mTorr) do Schlenkovy nadoby, zvazil, pridal k tomu suchy benzen a pouzival jsem to jako odmerny roztok.

    KH v parafinovem vosku od firmy Aldrich je sracka, nemeli zvladnutou vyrobu (podle postupu od prof. Kabera). Je vhodne se tomu vyhnout a koupit misto toho KH v mineralnim oleji. Nechat usadit, olej opatrne odlejt. Mate-li glovebox, muzete promyt hexanem a sfiltrovat, ale suchy KH je super pyroforicky. Ja jsem pouzil parafin, nalil jsem roztaveny parafinovy vosk to plastikove (HDPE) nadoby s KH po odliti mineralniho oleje, fouknul jsem na to Ar, zavrel a energicky jsem s tim trasl, dokud to neztuhlo, pak jsem to jeste promichal spachtli. Obsah KH v tehle smesi jsem stanovil volumetricky, podle H2 uvolneneho rozkladem pomoci methoxyethanolu, a taky titraci rezidua na methyl cerven s 0.1M HCl
    PETER_PAN
    PETER_PAN --- ---
    ALL: Mam dotaz ohledne crown-etheru. Kdyz pouziju 18-crown-6 ether spolu s nejakym hodne bazickym zdrojem K. Do jake miry ten 18-crown-6 ether muze snizovat vliv bazicity zdroje K.

    Zkouseli jsme (muj student) nejakou referovanou deprotonatcni reakci s KH + 18-crown-6 ether a nefunguje to moc dobre (konverze 15%, reference = 98% preparativni vytezek). Je to uplna reprodukce te reakce, na uplne presne tom stejnym substratu jako v referenci. Vsechno pintlich, fakt pecliva prace.

    Chci vyzkouset dalsi cinidla jako tBuOK treba. S tim KH se pracuje v malem velmi spatne (semi-micro scale fakt nejde udelat abych mel presne 1.05 eq KH). Premyslim take jestli ma cenu nejdriv smichat KH v rozpoustedle s 18-crown-6 etherem a pak deprotonovat Ar-NH2, nebo jak tu optimalizace vubec zacit.

    Nejake napady nekdo? Vsechny vychozi latky jsou dobre a jednoduse dostupne v gramovych mnozstvich, muzu fakt optimalizovat.
    CURDLED
    CURDLED --- ---
    Pokus se vam zpomaluje pri 50% konverzi a po 40 minutach, tak to klidne muzete nechat kuchtit pres noc, ten katalyst je temer neznicitelny. Rovnez zkuste ten DPEPhos

    Taky me napadlo - mozna vam produkt zere bazi, vas produkt je diaryl amin, difenylamin je uz pekne kysely, dela Ar2N(-) velmi lehce, mozna byste mohli pridat o 1 ekvivalent tBuONa navic
    BORAG
    BORAG --- ---
    Ligand jsme změnili, Xantphos použili a pozorujeme slabší zlepšení. Je to trochu lepší než dříve používaný Binap. I tentokrát se to po cca 40 min, kdy bylo dosaženo +/- 50% konverze (při 120 °C to neselektivně mění oba bromy), výrazně zpomalí a monitorování průběhu je takové malé peklo, protože se produkt sráží ze směsi (on ani ten výchozí dibromid není nějak excelentně rozpustný). Zdá se však, že to má tendenci něco dělat, i když velmi pomalu i poté, co tBu3P a Binap selhal.
    CURDLED
    CURDLED --- ---
    Nu kak vy, ligandy uže poměnili?
    Da, poměnili. Na vodku.
    BORAG
    BORAG --- ---
    CURDLED: díky, v pondělí vyzkoušíme.

    Ano, ten tBu3P je pěkný prevít. Volný fosfin na vzduchu dýmá a dá se s ním bezpečně manipulovat pouze v glowbagu/boxu. I to co dodá Aldrich je v lepším případě ihned po otevření směs několika látek a při troše štěstí je ten požadovaný ligand v slabě nadpolovičním poměru. Dříve jsem to řešil reklamacemi, ale pak jsme raději přešli na ty fosfoniové sole, se kterými nebyl nikdy větší problém.
    CURDLED
    CURDLED --- ---
    no prave ze PtBu3 je stericky velmi braneny, takze dela Pd komplexy s nizkym poctem fosfinu (2 nebo 3, vic se jich tam nevejde) a diky tomu je Pd centrum reaktivnejsi. Jenze tyhle Pd komplexy, ac reaktivnejsi nez komplexy s difosfinama (dalsi dobrej je Dppf, s ferocenem, ale Xanphos je jeste lepsi), se velmi snadno zainhibujou koordinaci, a pokud je ohrejete prilis vysoko tak se rozpadnou. Takze zkuste Xantphos. Dalsi Xantphosu podobny je DPEPhos, v nekterych pripadech funguje trochu lip

    Instabilita PtBu3 - meli jsme postdoktorantku ve skupine, z Polska - velmi chytre sikovne devce, mela skvely smysl pro humor. Ale o samozapalnosti tohoto fosfinu neslysela. Normalne to objednala od Aldricha, prisla lahvicka, tak to nasypala na vazici papir na ultra-analytickych vahach. (Takove co maj dve desetina mista pod miligramem. Byl na ne specialni masivni antivibracni stul). Takze jeji fosfin se promptne rozstal, zacalo se z neho dymat a pak shorel i s tim papirem, Ten servisak od firmy Metle-Toledo, co prisel oravovat vyhorele vahy, nam dal nekolikrat dost nediplomaticky najevo, ze jsme banda pitomcu pro kterou je jejich krasnych vah skoda
    BORAG
    BORAG --- ---
    CURDLED: jo, jsem rád, že to mám potvrzené i z jiného zdroje (i když je tedy zarážející, že reakce na modelovém systému o-dibrombenzen a toluidin fungovala kvantitativně). Nám docela slušně funguje právě to zmiňované Pd2(dba)3 + tBu3PH(+) BF4(-) (volný fosfin je nechutně nestabilní, takhle se to alespoň generuje in situ), báze pak tBuONa/K, DIPEA, Cs2CO3... Ten Xantphos můžeme zkusit. Už mi ale pomalu docházejí nápady.
    CURDLED
    CURDLED --- ---
    no to je asi ono, deaktivace Pd koordinujicim produktem. Navrhuju vyzkouset jako catalyst Xantphos + Pd2(dba)3, pouziva se v pomeru jeden difosfin na jedno Pd (Pd2(dba)3 obsahuje dve Pd na jednu molekulu, takze nepoplest Mw). Tenhle katalyticky system je odolnejsi vuci deaktivaci nez Buchwaldovy monophosphiny a je navic teplne velmi odolny, takze reakce jde rozchodit zvednutim teploty aniz byste riskoval rozklad katalyzatoru.
    Kliknutím sem můžete změnit nastavení reklam