MARTEN: Bootovací partition je FAT, občas se prostě potento. Mně pomohlo ji z OSu ani nemountovat (noauto), pokud jsem zrovna nedělal upgrade systému.
Nakonec jsem teda došel stavu "mám dvě identické boot partition, jedna je na SD, druhá na USB, nechytne se jedna, chytne se druhá." S root partition problém dosud nebyl, vždycky nějak nabootovala (btrfs RAID1).