• úvod
  • témata
  • události
  • tržiště
  • diskuze
  • nástěnka
    • přihlásit
    registrace
    ztracené heslo?
    BORAGOrganická syntéza
    Tento klub slouží k procvičování schopnosti navrhovat jednoduché i pokročilé mnohakrokové organické syntézy. Navrhovatel řešené struktury (tj. jedinec, který úspěšně vyřešil předchozí syntézu) by měl volit látku, se kterou již dříve pracoval, aby byl schopný rozsoudit správné řešení, v případě, že se jich objeví více.

    Prosím respektujte následující pravidla:
    1. Při navrhování syntéz používejte jako reagenty pouze komerčně dostupné látky.
    2. Syntéza by neměla mít více než deset kroků.
    3. Navržený sled reakcí vkládejte ve formě obrázků! Slovní popis n-stupňové syntézy nebude nejspíš nikdo číst.
    4. Doba na vyřešení struktury je předběžně stanovena na JEDEN TÝDEN - pokud se do té doby nepříjde s vhodným řešením, je navrhovatel povinen zveřejnit správné znění. Dalším navrhovatelem se pak stává osoba, která se k tomuto řešení nejvíce přiblížila.
    5. Navrhovatel se může své funkce dobrovolně vzdát ve prospěch jiného diskutujícího.
    6. Navržena může být i struktura, kterou plánujete připravit a rádi byste postup zkonzultovali, popř. zjistili i jiné úhly pohledu.
    7. Jakékoliv příspěvky mimo téma diskuze budou nemilosrdně mazány.

    Přeji příjemnou zábavu!
    rozbalit záhlaví
    KOCOURMIKES
    KOCOURMIKES --- ---
    CHEMIK: ano, nicmene se to vyrazne zlepsilo s uvedenou metodikou 2017. Treba to bude uzitecne.

    MRTY: na tom uz nekdo pracoval, machine learning na obrovske databazi namerenych spekter. Nevim jestli to dava lepsi vysledky nez kvantove-mechanicky vypocet na teto posledni metode. Samozrejme teoreticky jde spocitat spektrum dokonale, ale neni to na poradu dne implementovat takovou metodu pro supercomputing, nema to vyznam, kdyz to jde vyresit experimentalne korelovanymi 2D atd experimenty jako NOESY, ROESY, NMR specialiste timhle vyresi cokoliv, ale je to dost drahe treba cca 1500 czk na hodinu a muze trvat nekolik mesicu. Machine learning se pouziva hlavne v bioinformatice, na analyzu DNA/RNA, tam superpocitac dobre vyuzijes, na rozlousknuti "temne hmoty" genomu a ve strukturni bioinformatice, medicinalni pokrok samozrejme.
    MRTY
    MRTY --- ---
    1 odpověď
    KOCOURMIKES: divim se, ze na predikci MNR spekter jeste nikdo nezkusil nasadit machine learning. by prece muselo fungovat. ale mozna je to jen muj amatersky pohled na vec...
    KOCOURMIKES
    KOCOURMIKES --- ---
    1 odpověď
    CHEMIK: NMR neslo donedavna pocitat prakticky vubec tak, aby to mohlo byt uzitecne pro porovnavani a reseni spekter, od roku 2017 je to dost dobre mozne s [GFN-xTB]//PBEh-3c[DCOSMO-RS] :]
    BORAG: muzu spocitat nebo napsat autorovi, zda to zvladne metoda - dik za tip. bylo pocitano na 20-30 let stare metode zeano, kde nerozlisilo singlet vs. multiplet.
    KOCOURMIKES
    KOCOURMIKES --- ---
    abych upresnil, tahle nova metoda treba na 500-1000 atomu - v pohode a velmi rychle spocita NMR - priklad molekuly typu modifikovany taxol nebo kofaktor vitamin B12 - a takove porovnavaci spektrum se muze velmi hodit /da se to interaktivne porovnavat oznacene atomy ve vypoctu s vypocitanym a namerenym spektrem, a tak dolustit + clovek vi kde tam metoda ma svoje meze/, treba pri NMR identifikaci neznamych a slozitych prirodnich latek. spis teda pro NMR specialisty co u toho sedi. 500 atomu je spocitane asi za hodinu dve, tisice atomu trochu dele. je to - semiempiricky tight-binding s korekcemi + cosmo-rs.
    KOCOURMIKES
    KOCOURMIKES --- ---
    2 odpovědi
    lepsi priklad: Strychnin - tohle je vyrazny pokrok, ale joo

    [GFN-xTB]//PBEh-3c[DCOSMO-RS] - metoda 2017


    / pred 10-15 let notoricky neslo pocitat NMR vubec, GIAO atd. co bylo v Gaussianu atd. BYLO o nicem, tohle uz ma prakticky vyznam

    nevim co je za posledni metody v DALTONu, coz je spektroskopicky vypocetni kod, ktery pouzivaji organicti syntetici na prakticke orientacni porovnavaci vypocty spekter - hlavne teda UV, NMR tam zrejme neni vubec

    2017 NMR clanek je tady

    Fully Automated Quantum-Chemistry-Based Computation of Spin-Spin-Coupled Nuclear Magnetic Resonance Spectra. - PubMed - NCBI
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28906074

    BORAG
    BORAG --- ---
    CHEMIK: to chápu a soucítím :-)
    CHEMIK
    CHEMIK --- ---
    1 odpověď
    BORAG: No, mne staci me triterpeny :)
    BORAG
    BORAG --- ---
    2 odpovědi
    CHEMIK: no a to buď rád, že nepracuješ s malými cykly jako bicyklo[1.1.1]pentany nebo bicyklo[2.2.2]oktany, tam už výpočty nesedí ale vůbec (ty první jsou experimentálně singlety, zatímco výpočet ukazuje komplexní multiplety...)
    CHEMIK
    CHEMIK --- ---
    2 odpovědi
    KOCOURMIKES: Hm, na to jak je to mala molekula a relativne jednoducha, tak zatim (alespon pro me) k hovnu :)
    KOCOURMIKES
    KOCOURMIKES --- ---
    KOCOURMIKES: literatura https://pdfs.semanticscholar.org/49ff/7cbf19854f73b9bcac4c467cd3f5bf5531a4.pdf
    KOCOURMIKES
    KOCOURMIKES --- ---
    2 odpovědi
    solidni pokrok ve vypoctech NMR spekter (check po 10 letech vyvoje)





    KOCOURMIKES
    KOCOURMIKES --- ---
    +1
    Need to make a molecule? Ask this AI for instructions
    Artificial-intelligence tool that has digested nearly every reaction ever performed could transform chemistry.

    https://www.nature.com/articles/d41586-018-03977-w

    Schrodinger Inc. ma PathFinder software na reakce, ale tohle je vyssi level. Podstatne zrychli praci stravenou na designu a planovani reakci obrovskeho mnozstvi latek.
    CURDLED
    CURDLED --- ---
    Anionic ortho-Fries Rearrangement, a Facile Route to Arenol-Based Mannich Bases
    http://www.organic-chemistry.org/abstracts/lit2/684.shtm

    Anionic ortho-Fries Rearrangement, a Facile Route to Arenol-Based Mannich Bases
    N. Assimomytis, Y. Sariyannis, G. Stavropoulos, P. G. Tsoungas, G. Varvounis, P. Cordopatis, Synlett, 2009, 2777-2782.
    BORAG
    BORAG --- ---
    K_A_R_K_U_L_K_A: OK, to že je výchozí látka komerčně dostupná nemusí moc vypovídat o uváděné čistotě. Píši z vlastní zkušenosti, kdy jsme před pár lety hodně zápasili s jednou poměrně triviální reakcí, aby se pak ukázalo, že to, co prodává Oldřich Sigma není v proklamované 97% čistotě, ale slabých 70 % a navíc se to lišilo flaška od flašky.
    K_A_R_K_U_L_K_A
    K_A_R_K_U_L_K_A --- ---
    1 odpověď
    suchost jsme řešial horem dolem už.. je to komerční látka
    BORAG
    BORAG --- ---
    K_A_R_K_U_L_K_A: a je to děláno ze stejné šarže fenolu? Fenoly se obecně poměrně snadno hydratují a přítomnost vody silně ovlivňuje vlastní karboxylaci (buď neběží vůbec, nebo vznikají jiné izomery, atp.). Zakopaný pes může být tedy mimo jiné v manipulaci s fenolem (jak dlouho to je vystaveno vzdušné atmosféře, sušením před vlastní reakcí (občas je dobré to trochu potýrat pod vakuem při vyšší teplotě), pokud je výchozí fenol pevný, ta může hrát roli, jestli to je vrchní vrstva v zásobní lahvi (často hydratovaná), nebo nižší (obecně sušší), atp.
    CURDLED
    CURDLED --- ---
    K_A_R_K_U_L_K_A: Na kolegy berte ohled jen s rezervou. Doporucuji nastudovat:

    https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/cr50016a001
    K_A_R_K_U_L_K_A
    K_A_R_K_U_L_K_A --- ---
    PETER_PAN: no to je právě ta záhada! to se mi v životě nestalo s žádnou syntézou. jako většinou nebyla konverze skvělá, ale 1x byla i 100%, že fakt ten kresol zmiznul všechen
    snažím se to dělat furt stejně... proto nechápu to kolísání
    PETER_PAN
    PETER_PAN --- ---
    1 odpověď
    K_A_R_K_U_L_K_A: Zajimave je ze nekdy jsi mela 50% a nekdy 0%. Tzn. ta reakce v tom usporadani principielne chodit musi. Tohle jsou nejzapeklitejsi problemy a reseni byvaji opravdu vtipna.

    Pro zajimavost. Jednou jsem resil nejakej organokov co se kupoval od sigmy v roztoku. No a ten kdyz dorazil tak se "zmerila" koncentrace pomoci reakce s necim a bylo to OK. Na druhy den se delala reakce a ta skoro nebezela. Nakonec se zjistilo ze vypadavaji pruhledne, v tmave flasce pres sklo prakticky neviditelne krystaly toho organokovu tak ze koncentrace klesne na minimum (skladovani v lednicce pri +4 °C - doporuceno, preprava pri r.t. v aute). No a kdyz se to ohralo na r.t. a odebralo, reakce bezela 2x lepe nez v literature.
    K_A_R_K_U_L_K_A
    K_A_R_K_U_L_K_A --- ---
    2 odpovědi
    CURDLED: kolegové zkoušeli i jiné autoklávy, zkoušelo se tam dávat pevný CO2 a NaOMe se taky zkoušel. všecko marný :)
    CURDLED
    CURDLED --- ---
    1 odpověď
    K_A_R_K_U_L_K_A: pokud jste mela budik na regulatoru bomby s CO2 a regulator byl primo pripojen kovovou trubickou k autoklavu, a natlakovala jste to pri reakcni teplote, tak byl tlak uvnitr autoklavu stejny jako tlak na ciferniku regulatoru. Rovnez me napadlo: nez se babrat s kovovym sodikem, mozna ze mirny nadbytek praskoveho NaOMe v xylenu by byl rozumnejsi - methanol vydestiluje do 100C, a bylo by to rychlejsi a s mensim rizikem nez to varit se sodikem.
    Kliknutím sem můžete změnit nastavení reklam