KOCOURMIKES: Jeste poznamka k predikci NMR spekter. Ze vseho co jsem za poslednich 15 let vyzkousel - od pocitani po MestreNovu vychazi stale nejlip plne empiricky-databazovy algoritmus v ChemDraw. To spektrum ktere je ukazane v tvem prispevku je uplne sracka, ten vypocet by mi ani nahodou v nicem nepomohl, vubec - lepsi ho nemit a nebyt pripadne zmaten.

KOCOURMIKES: Zajimave je to mnozstvi amidickych vazeb. V tydnu jsem byl na prednasce typka ze Scrippsu a prave hodne povidal ja ve mnoha aktivnich latkach jsou 1,2 bifunkcni motivy .. treba -OH a -NH2 apod. Tady to ma trochu jinou logiku, ale stale tam vidim to "blizke stridani".

Totalka by IMHO sla, prave diky tem castym amidickym vazbam. NMR by IMHO ani nebylo potreba delat. Ty karboxylove funkce by se neutralizovali nejakym vhodnym ligandem a tlacilo by se to do X-RAY.

Tohle je prvni antibiotikum, objevene novou metodou bez kultivace mikroorganismu (bakterie - v pude, ktere vubec nezname, je jich drtiva vetsina, nedaji se kultivovat) - obsahuji nesmirne bohatou chemickou zasobarnu, a samozrejme antibiotíka na dalsich 150 let, protoze za miliardu let evoluce jsou ty bakterie v zabijeni jinych bakterii borci

Malacidin - 2018



Malacidin - Wikipedia
https://en.wikipedia.org/wiki/Malacidin


Co rikate na totalni syntezu slo by to ?

a vypoctena spektra by s k tomu hodili ne ? :) (lamam usetri cas)

CHEMIK: ano, nicmene se to vyrazne zlepsilo s uvedenou metodikou 2017. Treba to bude uzitecne.

MRTY: na tom uz nekdo pracoval, machine learning na obrovske databazi namerenych spekter. Nevim jestli to dava lepsi vysledky nez kvantove-mechanicky vypocet na teto posledni metode. Samozrejme teoreticky jde spocitat spektrum dokonale, ale neni to na poradu dne implementovat takovou metodu pro supercomputing, nema to vyznam, kdyz to jde vyresit experimentalne korelovanymi 2D atd experimenty jako NOESY, ROESY, NMR specialiste timhle vyresi cokoliv, ale je to dost drahe treba cca 1500 czk na hodinu a muze trvat nekolik mesicu. Machine learning se pouziva hlavne v bioinformatice, na analyzu DNA/RNA, tam superpocitac dobre vyuzijes, na rozlousknuti "temne hmoty" genomu a ve strukturni bioinformatice, medicinalni pokrok samozrejme.

KOCOURMIKES: divim se, ze na predikci MNR spekter jeste nikdo nezkusil nasadit machine learning. by prece muselo fungovat. ale mozna je to jen muj amatersky pohled na vec...

CHEMIK: NMR neslo donedavna pocitat prakticky vubec tak, aby to mohlo byt uzitecne pro porovnavani a reseni spekter, od roku 2017 je to dost dobre mozne s [GFN-xTB]//PBEh-3c[DCOSMO-RS] :]
BORAG: muzu spocitat nebo napsat autorovi, zda to zvladne metoda - dik za tip. bylo pocitano na 20-30 let stare metode zeano, kde nerozlisilo singlet vs. multiplet.

abych upresnil, tahle nova metoda treba na 500-1000 atomu - v pohode a velmi rychle spocita NMR - priklad molekuly typu modifikovany taxol nebo kofaktor vitamin B12 - a takove porovnavaci spektrum se muze velmi hodit /da se to interaktivne porovnavat oznacene atomy ve vypoctu s vypocitanym a namerenym spektrem, a tak dolustit + clovek vi kde tam metoda ma svoje meze/, treba pri NMR identifikaci neznamych a slozitych prirodnich latek. spis teda pro NMR specialisty co u toho sedi. 500 atomu je spocitane asi za hodinu dve, tisice atomu trochu dele. je to - semiempiricky tight-binding s korekcemi + cosmo-rs.

lepsi priklad: Strychnin - tohle je vyrazny pokrok, ale joo

[GFN-xTB]//PBEh-3c[DCOSMO-RS] - metoda 2017


/ pred 10-15 let notoricky neslo pocitat NMR vubec, GIAO atd. co bylo v Gaussianu atd. BYLO o nicem, tohle uz ma prakticky vyznam

nevim co je za posledni metody v DALTONu, coz je spektroskopicky vypocetni kod, ktery pouzivaji organicti syntetici na prakticke orientacni porovnavaci vypocty spekter - hlavne teda UV, NMR tam zrejme neni vubec

2017 NMR clanek je tady

Fully Automated Quantum-Chemistry-Based Computation of Spin-Spin-Coupled Nuclear Magnetic Resonance Spectra. - PubMed - NCBI
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28906074

CHEMIK: to chápu a soucítím :-)

BORAG: No, mne staci me triterpeny :)

CHEMIK: no a to buď rád, že nepracuješ s malými cykly jako bicyklo[1.1.1]pentany nebo bicyklo[2.2.2]oktany, tam už výpočty nesedí ale vůbec (ty první jsou experimentálně singlety, zatímco výpočet ukazuje komplexní multiplety...)

KOCOURMIKES: Hm, na to jak je to mala molekula a relativne jednoducha, tak zatim (alespon pro me) k hovnu :)

KOCOURMIKES: literatura https://pdfs.semanticscholar.org/49ff/7cbf19854f73b9bcac4c467cd3f5bf5531a4.pdf

solidni pokrok ve vypoctech NMR spekter (check po 10 letech vyvoje)

Anionic ortho-Fries Rearrangement, a Facile Route to Arenol-Based Mannich Bases
http://www.organic-chemistry.org/abstracts/lit2/684.shtm

Anionic ortho-Fries Rearrangement, a Facile Route to Arenol-Based Mannich Bases
N. Assimomytis, Y. Sariyannis, G. Stavropoulos, P. G. Tsoungas, G. Varvounis, P. Cordopatis, Synlett, 2009, 2777-2782.

K_A_R_K_U_L_K_A: OK, to že je výchozí látka komerčně dostupná nemusí moc vypovídat o uváděné čistotě. Píši z vlastní zkušenosti, kdy jsme před pár lety hodně zápasili s jednou poměrně triviální reakcí, aby se pak ukázalo, že to, co prodává Oldřich Sigma není v proklamované 97% čistotě, ale slabých 70 % a navíc se to lišilo flaška od flašky.

suchost jsme řešial horem dolem už.. je to komerční látka

K_A_R_K_U_L_K_A: a je to děláno ze stejné šarže fenolu? Fenoly se obecně poměrně snadno hydratují a přítomnost vody silně ovlivňuje vlastní karboxylaci (buď neběží vůbec, nebo vznikají jiné izomery, atp.). Zakopaný pes může být tedy mimo jiné v manipulaci s fenolem (jak dlouho to je vystaveno vzdušné atmosféře, sušením před vlastní reakcí (občas je dobré to trochu potýrat pod vakuem při vyšší teplotě), pokud je výchozí fenol pevný, ta může hrát roli, jestli to je vrchní vrstva v zásobní lahvi (často hydratovaná), nebo nižší (obecně sušší), atp.