SELECTOR_IX: Jsi idiot
Po příchodu nacistů do Československa byl Miloš Havel opakovaně nucen k tomu, aby prodal svých 51 procent akcií Barrandova, což zpočátku odmítal, a to i přesto, že mu bylo vyhrožováno koncentračním táborem.[4] Nacisté se nakonec filmových studií na Barrandově zmocnili tak, že říšský protektor nařídil zvýšení akciového kapitálu společnosti o 200 procent, které také upsal. Tyto peníze byly do společnosti vloženy pouze formálně a nikoliv ve skutečnosti, ale Miloš Havel tím přesto přišel o majoritní podíl. 26. dubna 1940 však došlo k dohodě a Miloš Havel se rozhodl svůj podíl ve společnosti prodat za 6 885 000 korun. Bylo mu rovněž umožněno pronajmout si ateliéry pro natáčení nejméně pěti filmů za rok.[4] Nacisté nakonec dosáhli svého cíle, ovládli Barrandov a za velmi dobrou cenu získali kvalitní filmové ateliéry, v nichž mohli levně vyrábět své filmy.[5]
Havlův Lucernafilm během protektorátu dále fungoval, jako jedná jedna ze dvou společností měl povoleno natáčet a distribuovat filmy v češtině. Společnost vyprodukovala 32 filmů, převážně komedií.[2] Za problematický bývá považován film Jan Cimbura a jeho scény se židovským obchodníkem.[6][7]
Miloš Havel však během protektorátu prokazatelně pomáhal pronásledovaným osobám. Již v říjnu 1938 byl například vyzván dopisem, který podepsalo 15 českých filmových režisérů, k tomu, aby propustil židovského ředitele své společnosti Levoslava Reichla a členy správní rady. V listopadu 1938 toto své přání deputace režisérů zopakovala znovu ústně, ale Miloš Havel odmítl přání režisérů vyhovět.[8] Na počátku německé okupace pak Miloš Havel narychlo uzavřel smlouvy s celou řadou spisovatelů, kterým hrozilo bezprostřední nebezpečí pro jejich levicové smýšlení.[9] Havlův Lucernafilm zaměstnával po dobu protektorátu třeba Jana Drdu nebo Václava Řezáče a také umožnil pod pseudonymy pracovat Ivanu Olbrachtovi nebo Olze Scheinpflugové.[10]
Záměrně také zaměstnával více herců i filmových pracovníků než bylo třeba, jen proto, aby je uchránil před totálním nasazením v Německu. Dosvědčují to vlastnoruční rukopisná prohlášení vydaná pracovníky kultury po květnu 1945, např. Jiřího Frejky, Franka Tetauera, Jana Drdy, Václava Vydry a Františka Götze. Uvádějí, že před totálním nasazením uchránil dále mj. také divadelní režiséry Františka Salzera, Antonína Kurše, Jana Škodu a Karla Jerneka.[11] Na základě jeho přímluvy byl z německého vězení propuštěn básník Vítězslav Nezval.[2] Miloš Havel však také měl styky s řadou německých funkcionářů či filmařů, když některé zval i na večírky do své vily. Mezi tyto patři i vedoucí pracovníci kulturněpolitického oddělení Úřadu říšského protektora Anton Zankl a Wilhelm Söhnel.